봉곡서원이 처음 건립된 곳은 논산이 아니라 전북 여산이었으며 창건 당시는 서원이 아닌 향사우였다. 숙종 37년(1711) 우암 송시열과 오봉 이호민의 발의로 1712년 여산 공촌면 장항리에 서원을 창건하였다. 제향 인물은 이계맹, 이순인, 남명한, 진효극, 남두건 등 5인이다. 고종 8년 전국적인 서원 훼철령으로 봉곡서원도 훼철되었다가 1899년에 이르러 복설 허가를 받아 단소를 설치하고 봉곡단소(鳳谷壇所)라 칭하였다. 이때 복건을 추진하는 측에서는 기호사림의 리더격인 돈암서원에 통문을 발하여 도움을 청하였다. 복건 추진세력은 단순히 문중이나 향촌이 아닌 지방관까지 동원된 강력한 그룹이었다. 여산 유림의 주도하에 여산군수 윤기진, 정읍군수 윤익병 등이 주무가 되었으며 유사는 서병희가 맡았으나 복건은 실패했다. 복건 시도가 무산된 후 원내에 이계맹 등 5인의 비를 세우고 옛터에 봉곡단을 설립하는 것으로 마무리 지었다. 1965년 연무유림은 정부의 지원을 얻어 고내리 효죽동에 새 원우를 건립하고 이전하였으며 1969년 내삼문, 1973년 숭모재와 외삼문을 세웠다.